A légitársaság a magyarországi üzemelését közvetlen Frankfurt - Budapest járattal indította, mely útvonalat a kor legmodernebb utasszállítógépe, a Boeing 727-30-as repülte. Az első útvonalat hamarosan közvetlen járat követte Budapestről Münchenbe, Düsseldorfba, majd Berlinbe is és a járatok sűrűsége is gyorsan növekedett.
A Lufthansa tavaly indította legújabb magyarországi járatát München és Debrecen között, és évek óta üzemeltet nyári charterjáratokat Hévíz-Balaton Airportra is. A Lufthansa mára Magyarország legnagyobb utasforgalmat bonyolító hagyományos légitársaságává vált. 2017. december 11-től a legnagyobb német légitársaság már naponta 5 járatpárral közlekedik majd a magyar főváros és a legforgalmasabb német repülőtér, Frankfurt között. A plusz járat Frankfurtból 10:10-kor indul és 11:40-kor érkezik Budapestre. Innen 12:30-kor indul vissza és 14:15-kor landol a frankfurti nemzetközi repülőtéren.
A német légitársaság és leányvállalatai (Austrian Airlines, Brussels Airlines, SWISS és Germanwings) mára a közvetlen járatok mellett kényelmes és gyors eljutási lehetőséget biztosítanak Magyarországról rengeteg európai és tengerentúli desztinációra is.
A légitársaság flottájában a legtöbb mai repülőgéptípus megtalálható, köztük a leghíresebb óriásgépekkel és legmodernebb utasszállítókkal, melyek közül többet is a Lufthansa hozott el először Magyarországra. A légitársaság 1985-ben elsőként repült Budapestre Boeing 747-es Jumbo Jettel, először mutatta be nálunk 2011-ben a kétszintes Airbus A380-ast és idén az 50. születésnapi rendezvénye alkalmából ellátogat hozzánk a csúcsmodern Airbus A350-es.